Di famiglia agiata, Giovanni Buzzacchi lasciò gli studi di medicina all'Università di Pavia, insieme al concittadino ed amico Pietro Scaratti, per partecipare alla Spedizione dei Mille, nella quale combatté a Calatafimi, Palermo e Milazzo, anche intervenendo come medico di campo e dando dimostrazioni di grande abilità chirurgica.
Rientrato in famiglia concluse gli studi e si dedicò alla professione medica fino alla nuova chiamata di Garibaldi, nel 1866, che lo volle come medico personale e coordinatore del servizio chirurgico del Corpo Volontari Italiani nella campagna trentina, durante la Terza Guerra d'Indipendenza.
Tornato definitivamente alla vita civile, divenne primario dell'ospedale civile di Mantova, incarico che mantenne per oltre vent'anni, dove introdusse precocemente le nuove tecniche igieniche di sterilizzazione degli strumenti chirurgici, comprendendo la fondatezza delle teorie di Louis Pasteur.
Morì nella sua casa natale, pochi mesi dopo il suo ritiro a riposo, disponendo che nella propria bara fosse posta la foto di Garibaldi.
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